怎么在chembio3d軟件上正確設(shè)計分子構(gòu)型

熱心網(wǎng)友：方法/步驟 ChemBioDraw給結(jié)構(gòu)原子分配屬性的具體操作步驟如下： 用【選擇】工具單擊一個原子，或Shift + 單擊選擇多個原子。從“結(jié)構(gòu)”菜單中，選擇“Atom Properties”或按快捷鍵“/”，此時出現(xiàn)Atom Properties對話框。從下拉列表中選擇要分配。

熱心網(wǎng)友：1、mm2分子力學優(yōu)構(gòu)型優(yōu)化方法使用chem 3d軟件mm2分子力學優(yōu)化構(gòu)型的操作步驟是繪制出化學結(jié)構(gòu)之后，依次選擇calculations/mm2/minimize energy（最小化化學能）命令，如下圖所示：mm2分子力學優(yōu)構(gòu)型優(yōu)化方法接著會彈出minimize energy對話框，“display every nth iter用于顯示每輪迭代信息”、“copy measurements to output bo用于控制輸出每輪結(jié)構(gòu)參數(shù)”、“minimum rms是構(gòu)型收斂標準”。另外注意一下，mm2分子力學方法計算量小，適合于大體系有機分子的構(gòu)型優(yōu)化。2、gamess量子化學軟件包構(gòu)型優(yōu)化方法gamess量子化學軟件包進行構(gòu)型優(yōu)化的原理是chem 3d根據(jù)初始分子模型計算能量和梯度，然后決定寫一部結(jié)構(gòu)調(diào)整的方向的步長，根據(jù)各原子受力情況和位移大小判斷是否收斂，若沒有則繼續(xù)重復(fù)上面的過程直到力和位移的變化均達到收斂標準。在chem 3d軟件中的操作方法是：繪制出分子結(jié)構(gòu)之后，依次點擊calculations/gamess interface/minimize，隨后會彈出如下圖所示的gamess對話框。gamess量子化學軟件包構(gòu)型優(yōu)化方法對話框job&thery選項卡的method選項可以更改計算方法，basis set是基組類型，wave function是波函數(shù)類型，通過polarization、diffuse和exponent可以添加或彌散基函數(shù)，opt.algorithm用于修改構(gòu)型優(yōu)化方法，最后的兩個選項spin multiplicity和net charge指的是體系電荷和自選多重度。在advanced-1選項卡中，繪制者可以更改自洽場迭代參數(shù)控制、溶劑效應(yīng)及其模型、mo初始猜測類型、點群及其主軸。gamess interface所計算性質(zhì)包括：偶極矩、電子密度、靜電勢、動能、lowdin電荷和布居數(shù)、mulliken電荷和布居數(shù)、勢能和總能量。