可降解TCE的甲烷氧化菌16S rDNA與pmoCAB基因簇序列分析

【摘要】：甲烷氧化菌可高效催化甲烷和多種氯代烴降解,開(kāi)展甲烷單加氧酶的基因簇序列分析研究有助于深入了解催化機(jī)理,并提升其在污染物生物降解領(lǐng)域中的應(yīng)用價(jià)值。以甲烷為唯一碳源富集分離甲烷氧化菌,取5種氯代烴作為共代謝基質(zhì)考察其降解情況,利用MEGE5.05軟件構(gòu)建基于16S r DNA的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)對(duì)所選菌株進(jìn)行初步鑒定,用半巢式PCR法分段擴(kuò)增菌株的顆粒性甲烷單加氧酶(p MMO)基因簇并進(jìn)行T-A克隆測(cè)序,通過(guò)Ex PASy計(jì)算p MMO三個(gè)亞基的理論分子量。篩選到了一株甲基孢囊菌Methylocystis sp.JTC3,在三氯乙烯(TCE)初始濃度為15.64μmol/L條件下,反應(yīng)5 d后降解率可達(dá)93.79%。經(jīng)擴(kuò)增、測(cè)序、拼接得到了3 227 bp的pmo CAB基因簇序列,包括771 bp的pmo C基因、759 bp的pmo A基因、1 260 bp的pmo B基因和2個(gè)非編碼中間序列,所對(duì)應(yīng)γ、β、α亞基理論分子量分別為29.1 k Da、28.6 k Da和45.6 k Da。通過(guò)Blast比對(duì)發(fā)現(xiàn)Methylocystis sp.JTC3的pmo CAB基因簇序列與Methylocystis sp.strain M的pmo CAB一致性較高,其中pmo A的序列相對(duì)保守。JTC3菌株可高效降解TCE,對(duì)pmo CAB基因簇序列的詳細(xì)分析可為p MMO活性中心特征、氯代烴類(lèi)底物選擇性等方面的深入研究提供信息數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。 【作者單位】： 重慶理工大學(xué)藥學(xué)與生物工程學(xué)院;重慶理工大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 甲烷氧化菌 三氯乙烯 pmoCAB基因簇 S rDNA 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(No.51378522) 重慶市基礎(chǔ)與前沿研究項(xiàng)目(No.cstc2013jcyjA20009)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：X172
【正文快照】： Received:May 20,2014;Accepted:August 14,2014Supported by:National Natural Science Foundation of China(No.51378522),Fundamental and Advanced Research Projects ofChongqing(No.cstc2013jcyj A20009).Corresponding author:Tiantao Zhao.Tel/Fax:+86-23-62563221;E-

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