基于16S rRNA基因克隆文庫技術分析廣西富鐘水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌組成及多樣性

【摘要】：本研究旨在利用16S rRNA基因克隆庫技術分析廣西富鐘水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌組成及多樣性。選取3頭體況基本一致的健康雌性富鐘水牛作為試驗動物,采用機械破壁法提取瘤胃內容物總DNA,采用產(chǎn)甲烷菌引物Met86F/Met1340R擴增16S rRNA基因,構建16S rRNA基因克隆文庫。結果表明,本試驗共獲得93個非嵌合體16S rRNA序列,按照97%的相似性劃分為39個分類操作單元(OTU)。其中,60個序列(15個OTU)與已培養(yǎng)細菌16S rRNA序列相似性≥97%,占總序列的64.5%;32個序列(23個OTU)與已培養(yǎng)菌16S rRNA序列相似性處于90%~(97%);僅有1個序列與Methanomassiliicoccus luminyensis相似性90%。系統(tǒng)發(fā)育樹分析表明,98.9%的序列均屬于甲烷桿菌目(Methanobacteriales),部分序列與Methanobacteriales中任何已知相似序列都相隔較遠,它們可能代表Methanobacteriales中新的屬或種。由上述結果可見,富鐘水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌以Methanobacteriales為優(yōu)勢菌群,其中有許多未知的產(chǎn)甲烷菌需進一步分離培養(yǎng)并對其功能進行分析。 【作者單位】： 中國農業(yè)科學院廣西水牛研究所 農業(yè)部(廣西)水牛遺傳繁育重點實驗室;
【關鍵詞】： 富鐘水牛 瘤胃 產(chǎn)甲烷菌 多樣性
【基金】：廣西自然基金青年基金項目(2012GXNSFBA053070) 廣西水產(chǎn)畜牧獸醫(yī)局科技計劃項目(桂漁牧科1304516) 農業(yè)部948項目(2011-G26)
【分類號】：S823
【正文快照】： 廣西富鐘水牛是我國地方水牛的特色品種之一,2006年被列入《國家級畜禽遺傳資源保護名錄》[1]。富鐘水牛體型較大,具有繁殖力高、成熟早、肉質好、性情溫順、耐粗飼等優(yōu)良特性[2-3],適合廣西壯族自治區(qū)東北丘陵地帶以低洼水田及黏性土壤旱地的耕作環(huán)境條件生長。然而,據(jù)2009年

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