利用16S rRNA基因克隆文庫(kù)技術(shù)分析德昌水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌的多樣性

【摘要】：選取3頭5歲左右的健康雌性德昌水牛作為試驗(yàn)動(dòng)物,采用機(jī)械破壁法提取瘤胃內(nèi)容物總DNA,用產(chǎn)甲烷菌特異性引物Met86F/Met1340R擴(kuò)增16S rRNA基因,構(gòu)建16S rRNA基因克隆文庫(kù),分析德昌水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌區(qū)系組成。結(jié)果表明:試驗(yàn)共獲得99個(gè)16S rRNA基因序列,RDP分析表明94.2%的序列為甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)16S rRNA序列,按照97%的相似性劃分為19個(gè)分類操作單元,其中96個(gè)序列(17個(gè)OTUs)占總序列的97.0%,與已知細(xì)菌的16S rRNA序列的相似性≥97%;3個(gè)序列(2個(gè)OTUs)占總序列的3.0%,與已知細(xì)菌16S rRNA序列的相似性為90%~97%;系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析表明,SGMT簇序列和RO簇序列所占總序列的比例分別為75.8%、1.0%,部分序列與Methanobrevibacter中任何已知相似序列都相隔較遠(yuǎn),它們可能代表Methanobrevibacter中新的種。以上結(jié)果表明,德昌水牛瘤胃產(chǎn)甲烷菌以Methanobrevibacter產(chǎn)甲烷菌為優(yōu)勢(shì)菌群,其中有許多未培養(yǎng)的產(chǎn)甲烷菌需進(jìn)一步分離培養(yǎng),并對(duì)其功能進(jìn)行分析。 【作者單位】： 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院廣西水牛研究所;農(nóng)業(yè)部(廣西)水牛遺傳繁育重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 德昌水牛 瘤胃 產(chǎn)甲烷菌 S rRNA 多樣性
【基金】：廣西自然科學(xué)基金青年基金項(xiàng)目(2012GXNSFBA053070) 廣西水產(chǎn)畜牧獸醫(yī)局科技計(jì)劃項(xiàng)目(桂漁牧科1304516) 廣西特聘專家崗位專項(xiàng)(2014GXTPZJ018) 農(nóng)業(yè)部“948”項(xiàng)目(2011–G26)
【分類號(hào)】：S823
【正文快照】： 德昌水牛是中國(guó)地方水牛優(yōu)良品種之一,屬于沼澤型水牛,其體格較大,體質(zhì)結(jié)實(shí),生長(zhǎng)發(fā)育快,適應(yīng)性廣,役力強(qiáng),主要分布于海拔為480~2 520 m的四川省涼山彝族自治州安寧河流域的德昌、西昌、冕寧、會(huì)理等縣和渡口市的米易縣[1]。深入研究德昌水牛的消化生理以及營(yíng)養(yǎng)特性有助于地方

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